MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 chromosome

Total Repeats: 44365

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010117	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010117	CCG	2	6	197	202	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161830473
3	NC_010117	CAA	2	6	203	208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161830473
4	NC_010117	CAAA	2	8	247	254	75 %	0 %	0 %	25 %	161830473
5	NC_010117	TAC	2	6	261	266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161830473
6	NC_010117	TGGAT	2	10	291	300	20 %	40 %	40 %	0 %	161830473
7	NC_010117	CCT	2	6	356	361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161830473
8	NC_010117	CCAA	2	8	401	408	50 %	0 %	0 %	50 %	161830473
9	NC_010117	AGC	2	6	436	441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161830473
10	NC_010117	TCG	2	6	513	518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161830473
11	NC_010117	GCC	3	9	545	553	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161830473
12	NC_010117	TTTA	2	8	596	603	25 %	75 %	0 %	0 %	161830473
13	NC_010117	TGG	2	6	604	609	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161830473
14	NC_010117	A	6	6	677	682	100 %	0 %	0 %	0 %	161830473
15	NC_010117	TTG	2	6	708	713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161830473
16	NC_010117	GTT	2	6	784	789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161830473
17	NC_010117	T	6	6	806	811	0 %	100 %	0 %	0 %	161830473
18	NC_010117	GATC	2	8	821	828	25 %	25 %	25 %	25 %	161830473
19	NC_010117	TTC	2	6	839	844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161830473
20	NC_010117	AGA	2	6	925	930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830473
21	NC_010117	CTT	2	6	1057	1062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161830473
22	NC_010117	TCAA	2	8	1144	1151	50 %	25 %	0 %	25 %	161830473
23	NC_010117	CG	3	6	1300	1305	0 %	0 %	50 %	50 %	161830473
24	NC_010117	ATGGCC	2	12	1316	1327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	161830473
25	NC_010117	TTGC	2	8	1430	1437	0 %	50 %	25 %	25 %	161830473
26	NC_010117	CGT	2	6	1440	1445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161830473
27	NC_010117	AGA	2	6	1456	1461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830473
28	NC_010117	G	6	6	1628	1633	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010117	AAATT	2	10	1642	1651	60 %	40 %	0 %	0 %	161831398
30	NC_010117	ATT	2	6	1665	1670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161831398
31	NC_010117	CT	3	6	1741	1746	0 %	50 %	0 %	50 %	161831398
32	NC_010117	TCT	2	6	1834	1839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161831398
33	NC_010117	A	6	6	1925	1930	100 %	0 %	0 %	0 %	161831398
34	NC_010117	CCG	2	6	1991	1996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161831398
35	NC_010117	TAT	2	6	2098	2103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161831398
36	NC_010117	CAAA	2	8	2194	2201	75 %	0 %	0 %	25 %	161831398
37	NC_010117	ATC	2	6	2224	2229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161831398
38	NC_010117	ATT	2	6	2242	2247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161831398
39	NC_010117	GAG	2	6	2266	2271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161831398
40	NC_010117	AAT	2	6	2302	2307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161831398
41	NC_010117	CTA	2	6	2321	2326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161831398
42	NC_010117	AATT	2	8	2348	2355	50 %	50 %	0 %	0 %	161831398
43	NC_010117	GTG	2	6	2396	2401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161831398
44	NC_010117	ATCG	2	8	2416	2423	25 %	25 %	25 %	25 %	161831398
45	NC_010117	ATT	2	6	2508	2513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161831398
46	NC_010117	CCA	2	6	2525	2530	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161831398
47	NC_010117	AAG	2	6	2540	2545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161831398
48	NC_010117	GAA	3	9	2551	2559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161831398
49	NC_010117	AGC	2	6	2677	2682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161831398
50	NC_010117	T	9	9	2834	2842	0 %	100 %	0 %	0 %	161830866
51	NC_010117	AATC	2	8	2877	2884	50 %	25 %	0 %	25 %	161830866
52	NC_010117	ATA	2	6	2943	2948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161830866
53	NC_010117	TTA	2	6	2967	2972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161830866
54	NC_010117	CA	3	6	2986	2991	50 %	0 %	0 %	50 %	161830866
55	NC_010117	CGAT	2	8	3028	3035	25 %	25 %	25 %	25 %	161830866
56	NC_010117	T	6	6	3124	3129	0 %	100 %	0 %	0 %	161830866
57	NC_010117	CCTT	2	8	3188	3195	0 %	50 %	0 %	50 %	161830866
58	NC_010117	T	7	7	3194	3200	0 %	100 %	0 %	0 %	161830866
59	NC_010117	TCA	2	6	3319	3324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161830866
60	NC_010117	GTGG	2	8	3420	3427	0 %	25 %	75 %	0 %	161830866
61	NC_010117	AC	3	6	3492	3497	50 %	0 %	0 %	50 %	161830866
62	NC_010117	CAA	2	6	3572	3577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161830866
63	NC_010117	TTAC	2	8	3585	3592	25 %	50 %	0 %	25 %	161830866
64	NC_010117	A	6	6	3627	3632	100 %	0 %	0 %	0 %	161830866
65	NC_010117	ATTT	2	8	3647	3654	25 %	75 %	0 %	0 %	161830866
66	NC_010117	CGA	2	6	3658	3663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161830866
67	NC_010117	CCG	2	6	3669	3674	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161830866
68	NC_010117	TGAT	2	8	3702	3709	25 %	50 %	25 %	0 %	161830866
69	NC_010117	CGC	2	6	3814	3819	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161830866
70	NC_010117	AGA	2	6	3961	3966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010117	AAT	2	6	4016	4021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161831267
72	NC_010117	A	7	7	4032	4038	100 %	0 %	0 %	0 %	161831267
73	NC_010117	A	7	7	4078	4084	100 %	0 %	0 %	0 %	161831267
74	NC_010117	TGAGCG	2	12	4129	4140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	161831267
75	NC_010117	CAC	2	6	4141	4146	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161831267
76	NC_010117	TTC	2	6	4157	4162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161830408
77	NC_010117	CGA	2	6	4229	4234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161830408
78	NC_010117	CAC	2	6	4248	4253	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161830408
79	NC_010117	CGA	2	6	4283	4288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161830408
80	NC_010117	AGA	2	6	4391	4396	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830408
81	NC_010117	GCC	2	6	4407	4412	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161830408
82	NC_010117	TTA	2	6	4417	4422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161830408
83	NC_010117	CGG	2	6	4439	4444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161830408
84	NC_010117	CGG	2	6	4475	4480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161830408
85	NC_010117	GTG	2	6	4503	4508	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161830408
86	NC_010117	AGA	2	6	4520	4525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830408
87	NC_010117	GCTT	2	8	4715	4722	0 %	50 %	25 %	25 %	161830408
88	NC_010117	A	7	7	4830	4836	100 %	0 %	0 %	0 %	161830408
89	NC_010117	CCAT	2	8	4840	4847	25 %	25 %	0 %	50 %	161830408
90	NC_010117	T	6	6	4933	4938	0 %	100 %	0 %	0 %	161830408
91	NC_010117	AAT	2	6	4947	4952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161830408
92	NC_010117	CGG	2	6	4967	4972	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161830408
93	NC_010117	CACT	2	8	4973	4980	25 %	25 %	0 %	50 %	161830408
94	NC_010117	AGT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161830408
95	NC_010117	CTTG	2	8	5216	5223	0 %	50 %	25 %	25 %	161830408
96	NC_010117	TGC	2	6	5267	5272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161830408
97	NC_010117	ACG	2	6	5312	5317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161830408
98	NC_010117	TGG	2	6	5401	5406	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161830408
99	NC_010117	TGG	2	6	5420	5425	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161830408
100	NC_010117	TCT	2	6	5523	5528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161830408
101	NC_010117	AGA	2	6	5576	5581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830408
102	NC_010117	ATC	2	6	5605	5610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161830408
103	NC_010117	CCGACG	2	12	5626	5637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	161830408
104	NC_010117	CA	3	6	5647	5652	50 %	0 %	0 %	50 %	161830408
105	NC_010117	TCT	2	6	5674	5679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161830408
106	NC_010117	TA	3	6	5737	5742	50 %	50 %	0 %	0 %	161830408
107	NC_010117	A	7	7	5748	5754	100 %	0 %	0 %	0 %	161830408
108	NC_010117	GTT	2	6	5798	5803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161830408
109	NC_010117	GCG	2	6	5886	5891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161830408
110	NC_010117	TA	3	6	5946	5951	50 %	50 %	0 %	0 %	161830408
111	NC_010117	GCT	2	6	5960	5965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161830408
112	NC_010117	TGAG	2	8	5995	6002	25 %	25 %	50 %	0 %	161830408
113	NC_010117	GGA	2	6	6035	6040	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161830408
114	NC_010117	A	6	6	6093	6098	100 %	0 %	0 %	0 %	161830408
115	NC_010117	ATT	2	6	6135	6140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161830408
116	NC_010117	TTG	2	6	6208	6213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161830408
117	NC_010117	TA	3	6	6217	6222	50 %	50 %	0 %	0 %	161830408
118	NC_010117	A	6	6	6330	6335	100 %	0 %	0 %	0 %	161830408
119	NC_010117	TAT	2	6	6424	6429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161830408
120	NC_010117	ACC	2	6	6471	6476	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161830408
121	NC_010117	CGC	2	6	6501	6506	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161830408
122	NC_010117	TCC	2	6	6558	6563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_010117	ACCC	2	8	6709	6716	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
124	NC_010117	A	7	7	6762	6768	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010117	TG	3	6	6832	6837	0 %	50 %	50 %	0 %	161831254
126	NC_010117	TGA	2	6	6842	6847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161831254
127	NC_010117	GTAT	2	8	6890	6897	25 %	50 %	25 %	0 %	161831254
128	NC_010117	GTG	2	6	6927	6932	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161831254
129	NC_010117	GGA	2	6	6945	6950	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161831254
130	NC_010117	GCA	2	6	7010	7015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161831254
131	NC_010117	AAC	2	6	7123	7128	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161831254
132	NC_010117	GTT	2	6	7205	7210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161831254
133	NC_010117	GTG	2	6	7237	7242	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161831254
134	NC_010117	AGCG	2	8	7277	7284	25 %	0 %	50 %	25 %	161831254
135	NC_010117	TTGT	2	8	7325	7332	0 %	75 %	25 %	0 %	161831254
136	NC_010117	TTG	2	6	7341	7346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161831254
137	NC_010117	GAG	2	6	7374	7379	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161831254
138	NC_010117	GGGT	2	8	7438	7445	0 %	25 %	75 %	0 %	161831254
139	NC_010117	TCA	2	6	7487	7492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161831254
140	NC_010117	ACA	2	6	7541	7546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161831254
141	NC_010117	AGG	2	6	7561	7566	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161831254
142	NC_010117	TGT	2	6	7567	7572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161831254
143	NC_010117	A	6	6	7649	7654	100 %	0 %	0 %	0 %	161831254
144	NC_010117	GAAT	2	8	7705	7712	50 %	25 %	25 %	0 %	161831254
145	NC_010117	TG	3	6	7719	7724	0 %	50 %	50 %	0 %	161831254
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148	NC_010117	AC	3	6	7838	7843	50 %	0 %	0 %	50 %	161830165
149	NC_010117	TGA	2	6	7869	7874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161830165
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151	NC_010117	TGG	2	6	7978	7983	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161830165
152	NC_010117	CTTT	2	8	8023	8030	0 %	75 %	0 %	25 %	161830165
153	NC_010117	TCA	2	6	8031	8036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161830165
154	NC_010117	TTG	2	6	8044	8049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161830165
155	NC_010117	ACA	2	6	8050	8055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161830165
156	NC_010117	GGGT	2	8	8057	8064	0 %	25 %	75 %	0 %	161830165
157	NC_010117	AGCGA	2	10	8078	8087	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
158	NC_010117	CAT	2	6	8108	8113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_010117	TCGCT	2	10	8128	8137	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
160	NC_010117	TACTT	2	10	8147	8156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_010117	CCCA	2	8	8183	8190	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
162	NC_010117	TAA	2	6	8191	8196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010117	GTGA	2	8	8437	8444	25 %	25 %	50 %	0 %	161831413
164	NC_010117	T	7	7	8457	8463	0 %	100 %	0 %	0 %	161831413
165	NC_010117	GAC	2	6	8467	8472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161831413
166	NC_010117	TCTT	2	8	8476	8483	0 %	75 %	0 %	25 %	161831413
167	NC_010117	GTAA	2	8	8488	8495	50 %	25 %	25 %	0 %	161831413
168	NC_010117	CGC	2	6	8559	8564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161831413
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170	NC_010117	ACT	2	6	8626	8631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161831413
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172	NC_010117	ATC	2	6	8815	8820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161831413
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174	NC_010117	TTA	2	6	8882	8887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161831413
175	NC_010117	TAA	2	6	8898	8903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161831413
176	NC_010117	AAATA	2	10	8911	8920	80 %	20 %	0 %	0 %	161831413
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181	NC_010117	T	6	6	8999	9004	0 %	100 %	0 %	0 %	161831413
182	NC_010117	AGT	2	6	9075	9080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161831543
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247	NC_010117	TAG	2	6	12387	12392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
248	NC_010117	AAT	2	6	12403	12408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_010117	AAAT	2	8	12467	12474	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_010117	TAT	2	6	12513	12518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
251	NC_010117	TTTCG	2	10	12556	12565	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
252	NC_010117	ACA	2	6	12636	12641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161830428
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257	NC_010117	CCCA	2	8	12882	12889	25 %	0 %	0 %	75 %	161830428
258	NC_010117	A	6	6	12915	12920	100 %	0 %	0 %	0 %	161830428
259	NC_010117	A	6	6	12961	12966	100 %	0 %	0 %	0 %	161830428
260	NC_010117	T	7	7	13000	13006	0 %	100 %	0 %	0 %	161830428
261	NC_010117	ATG	2	6	13030	13035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161830428
262	NC_010117	AGA	2	6	13046	13051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830428
263	NC_010117	AGA	2	6	13058	13063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161830428
264	NC_010117	ATT	2	6	13072	13077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161830428
265	NC_010117	TTAG	2	8	13110	13117	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
266	NC_010117	TTGC	3	12	13186	13197	0 %	50 %	25 %	25 %	161829738
267	NC_010117	TCTGCG	2	12	13216	13227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161829738
268	NC_010117	A	6	6	13316	13321	100 %	0 %	0 %	0 %	161829738
269	NC_010117	CGC	2	6	13362	13367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161829738
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